Das offene, smarte und intuitive Forschungsinformationssystem

Ihr macht die Forschung,
OSIRIS hilft euch sie zu zeigen.

Open

OSIRIS ist eine quelloffene und frei verfügbare Software - ganz ohne Kosten.

Smart

Sammeln, Analysieren, Berichten - OSIRIS nimmt Euch möglichst viel Arbeit ab.

Intuitive

OSIRIS wurde für Nutzer entworfen: es ist einfach und intuitiv zu bedienen.

Coming soon: Update 1.3.0

Etwas Großes ist im Anmarsch. Update 1.3.0 wird einen Haufen neue Features, ein neues Design und viele Verbesserungen bieten. Freut euch auf Projekte, tiefgehendere Organisationseinheiten, Konzepte, komplett überarbeitete Profilseiten und vieles mehr. Neugierig? Dann könnt ihr hier schauen, was bereits drin sein wird.
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Was ist OSIRIS?

OSIRIS ist ein offenes und frei verfügbares Forschungsinformationssystem (FIS), das heißt es sammelt Daten zu Forschungsaktivitäten, z.B. Publikationen und Vorträge, bereitet sie auf und stellt sie dar. Es hilft dabei, den Überblick über die Forschung an Eurem Institut zu behaltet und bietet sowohl den Berichterstattenden als auch den Forschenden Personen Einblicke.

OSIRIS wurde in Zusammenarbeit mit dem Leibniz-Insitut DSMZ entworfen und entwickelt. Es ist speziell für kleinere Institute ohne eigene Bibliothek gedacht. Deshalb setzt OSIRIS auf ein Selbstmeldesystem, bei dem die Forschenden ihre Aktivitäten selbst hinzufügen. Wir wissen, dass jedes Institut einzigartig ist. Deshalb lässt sich OSIRIS auf einzigartige Weise an eure Bedürfnisse anpassen.

Einen großes Fokus setzen wir bei OSIRIS auch auf die Nutzbarkeit (Usability) und zwar für jeden. Deshalb setzen wir neben intuitiven Interfaces auch auf verschiedene Accessibility-Funktionen und neben deutscher auch auf englische Sprache. Immer ganz getreu dem Motto:

"A user interface is like a joke. If you have to explain it, it’s not that good”.
(Ein Nutzerinterface ist wie ein Witz. Wenn du's erklären musst, ist es nicht besonders gut.)

— Martin Leblanc

Warum ein neues FIS?

OSIRIS schlummerte als Idee schon länger in den Köpfen herum. Der Hintergund liegt in unserem Daytime-Job bei einem Leibniz-Institut. Dort wurde nämlich bis 2021 für das Reporting der Forschungsaktivitäten noch auf Excel-Tabellen gesetzt. Als wir uns nach einer Alternative umgeschaut haben, fanden wir viele Forschungsinformationssysteme (FIS) auf dem Markt, doch keins wollte so richtig passen. Zu schwergewichtig, zu teuer, zu altbacken, zu unflexibel oder für große Universitäten mit eigener Bibliothek entwickelt.

Unsere Anforderungen an ein FIS

Für uns musste das perfekte System ...

  • einfach und intuitiv zu bedienen sein.
    Was umständlich und kompliziert ist, wird nicht benutzt.
  • möglichst viel Arbeit abnehmen.
    Wiederkehrende Arbeit zu automatisieren spart Zeit und Nerven.
  • viel Flexibilität bieten.
    Unterschiedliche Institute haben unterschiedliche Anforderungen.
  • einfach zu erweitern sein.
    Wenn die Anforderungen wachsen, muss es mitwachsen.
  • in unsere Systeme integrierbar sein.
    Niemand will >200 Nutzer manuell pflegen.
  • Einblick gewähren.
    Metriken und Berichte sollten generiert werden können, ohne zu viele Ressourcen zu verbrauchen.
  • auch für Wissenschaftler:innen nützlich sein.
    Wer die Arbeit wiederverwenden kann, macht sie gern.
  • Spaß machen und gut aussehen.
    Auch das gehört dazu.

Was unsere Nutzenden sagen

Bei OSIRIS macht es sogar richtig Spaß, seine Sachen einzutragen.
— Dr. Judith Boldt, Wissenschaftlerin
Mit OSIRIS wird die Pflege der Forschungsaktivitäten zur angenehmen Nebensache.
— Dr. Lorenz Reimer, Wissenschaftler
OSIRIS ermöglicht es mir den Überblick über all meine beruflichen Aktivitäten […] zu behalten und erstellt dazu noch hilfreiche Darstellungen meiner Einträge.
— Dr. Martinique Frentrup, Wissenschaftlerin

Was als nächstes kommt

Wir sind nicht fertig. Noch lange nicht. Mehr zu weiteren Plänen in der Roadmap.

Features

Diese Übersicht zeigt nur ein paar der Features auf, die OSIRIS bietet:

Intelligentes Hinzufügen

Eine neue Aktivität kann entweder manuell angelegt oder aber über einen Webdienst abgefragt werden. Dazu braucht es nur eine DOI oder Pubmed-ID.

Analyse

Metriken können direkt aus den Aktivitäten gezogen werden. Dafür bereitet OSIRIS eine Reihe von Visualisierung auf einem Dashboard auf.

Persönliche Profilseite

Die Aktivitäten einer Person werden auf der Profilseite übersichtlich dargestellt und mit Graphiken untermauert.

Import

Aktivitäten können ganz einfach aus Google Scholar oder BibTeX-Dateien importiert werden. Auf Duplikate wird dabei überprüft.

Dateien ablegen

Es ist möglich, mehrere Dateien in verschiedenen Formaten zu hinterlegen. Dadurch ist die Aufbewahrung und Bereitstellung der Originaldokumente gesichert.

Export

Egal ob für den nächsten Forschungsantrag oder den persönlichen CV: OSIRIS bietet eine Vielzahl von Möglichkeiten, seine eigenen Aktivitäten herunterzuladen.

Erweiterte Suche

Eine erweiterte Suche ermöglicht es, beinahe alle Datenfelder von OSIRIS zu durchsuchen. Auch komplizierte Abfragen und Kombinationen sind möglich.

Quartale

OSIRIS wurde entworfen, um quartalsweise zu Arbeiten. Am Ende eines Quartals werden die Nutzer:innen aufgefordert, ihre Arbeit zu überprüfen.

Logik checks

OSIRIS führt im Hintergrund eine Reihe verschiedener logischer Prüfungen durch und löst Probleme, wenn möglich. Ist dies nicht der Fall, werden sie an den Benutzer zurückgespielt.

Journale

Standardisierte Journale und ihre Metriken werden ebenfalls gespeichert und ggf. über NLM neu hinzugefügt.

Rewards

Mit Coins und Trophäen werden Nutzer:innen für ihre Arbeit und die Pflege der Daten belohnt.

Sprachen

OSIRIS ist zurzeit in zwei Sprachen verfügbar: Deutsch und Englisch.

Aktivitäten

Per Default sind in OSIRIS die folgenden Aktivitätsarten abgebildet:

Beispiel:

Spring, S., Rohde, M., Bunk, B., Spröer, C., Will, S. E. and Neumann-Schaal, M. (2022) New insights into the energy metabolism and taxonomy of Deferribacteres revealed by the characterization of a new isolate from a hypersaline microbial mat. Environmental microbiology 24(5):2543-2575. DOI: http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.15999

Wolf, J., Öztürk, B., Koblitz, J. and Neumann-Schaal, M. (2021) Systembiologischer Fokus auf Nachhaltigkeit - Wie uns interdisziplinäre Forschung beim Verständnis hilft. GIT Labor-Fachzeitschrift. https://analyticalscience.wiley.com/do/10.1002/was.000600102/full/

Overmann, J. (2006) Molecular Basis of Symbiosis. (Vol. 41) Berlin/Heidelberg: Springer-Verlag. DOI: https://doi.org/10.1007/3-540-28221-1

Overmann, J. (2022) Mikrobielle Vielfalt, Evolution und Systematik. In: G. Fuchs, H. G. Schlegel and M. Bramkamp (eds) Allgemeine Mikrobiologie. (11th ed., pp. 602-674). Stuttgart Georg Thieme Verlag.

Helmecke, J. (2019) Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidophiler Sulfolobales (Dissertation). TU Braunschweig. DOI: https://doi.org/10.24355/dbbs.084-201910291317-0

Lissin, A., Podstawka, A., Reimer, L. C., Koblitz, J., Bunk, B. and Overmann, J. "Who is who?" A central database for resolving microbial strain identifiers. GCB 2022, Halle (Saale). 06.-08.09.2022.

Koblitz, J., Halama, P., Spring, S., Thiel, V., Baschien, C., Hahnke, R., Pester, M., Reimer, L. C. and Overmann, J. MediaDive: the expert-curated cultivation media database. ECCO 2022, Braunschweig. 28.09.2022. (short)

Stetig Steenpaß, L. Mitglied im Advisory Board der Core Facility der Medizinischen Universität Graz, von 01.08.2021 bis heute.

Einmalig Overmann, J. Teilnahme an der Podiumsdiskussion zum Thema Digitale Sequenzinformation auf der Jahrestagung der VAAM, 21.02.2022, virtuell.

Einmalig Riedel, T. Organisation des CD-biOmics Workshop, 13.-19.03.2022, Leibniz Institut DSMZ, Braunschweig.

Neumann-Schaal, M. MI01: Grundlagen der Mikrobiologie, TU Braunschweig (01.10.2022 - 31.03.2023).

Halama, Philipp, TU Braunschweig. Genomic Sphingomonas; Master-Thesis. 01.12.2021-30.09.2022 (in progress), betreut von Bunk, B.

Herrera, Fabio, Universidad de los Andes, Kolumbien. BMBF-Projekt: Workshop AVAnce; Gastwissenschaftler:in. 15.-22.07.2022, betreut von Overmann, J.

Koblitz, J. (2020) MetaboMAPS: Pathway Sharing and Multi-omics Data Visualization in Metabolic Context (Version 1.1) [Computer software]. Zenodo. DOI: https://doi.org/10.5281/zenodo.3742817

Pester, M. Reviewer for Frontiers in Microbiology. October 2021.

Thiel, V. Mitglied des Editorial Board von Microganisms (Guest Editor for Special Issue 'Phototrophic Bacteria 2.0'), von Juli 2022 bis März 2023.

Sikorski, J. Reviewer of Grant Proposals: National Science Foundation USA. October 2021.

Mast, Y. Reviewer for Doctoral Thesis: Ira Handayani, Eberhard Karls, Universität Tübingen. October 2021.

Ihr könnt OSIRIS aber auch individuell anpassen, d.h. ihr könnt Aktivitäten rausnehmen oder neue hinzufügen. Ihr entwickelt weder Software noch Datensätze? Kein Problem, löscht die Kategorie raus. Ihr habt mehr Unterkategorien bei Vorträgen? Nichts leichter als das, ihr legt einfach neue Unterkategorien an. Dadurch macht ihr OSIRIS zu eurem OSIRIS. Und das beste: Updates lassen eure Einstellungen unangetastet.

Mehr über die Anpassung findet ihr hier.

Wie man OSIRIS bei sich einbindet

Grundlegende IT-Kenntnisse sind schon notwendig. Doch eigentlich ist es nicht schwer, OSIRIS mit all seinen Komponenten zu installieren und zu konfigurieren. Da OSIRIS komplett Open-Source ist, wurde es dafür entworfen, auch in anderen Instituten genutzt zu werden. Alles was ihr braucht ist einen Webserver, auf dem ihr OSIRIS installieren könnt - und natürlich den Quellcode, den ihr euch von Github holt.

Tech-Talk

OSIRIS funktioniert mit PHP im Backend und JavaScript im Frontend. Als JavaScript-Library wird dabei auf jQuery gesetzt. Dadurch dass keine aufwändigen Frameworks oder Dev-Stacks verwendet werden lässt sich OSIRIS einfach installieren. Die Konfiguration der App findet dabei über das Admin-Panel statt, in dem alle Infos, wie zum Beispiel der Name des Instituts oder die Abteilungen angegeben werden.

Die eigentlichen Daten werden in einer Dokument-basierten MongoDB-Datenbank gespeichert. Die muss nur grob initialisiert werden, alle Daten lassen sich dann über die Weboberfläche hinzufügen. Wenn eine Verbindung zu LDAP hinterlegt ist, wird beim Einloggen direkt ein neuer Nutzer angelegt.

Installationsanleitung

Das Team hinter OSIRIS

Dr. Julia Koblitz

Julia ist Wissenschaftlerin an der DSMZ. Sie leitet die Arbeitsgruppe Datenintegration in der Abteilung Bioinformatik und hat schon mehrere Datenbanken und interaktive Web-Applikationen entwickelt, beispielsweise MediaDive, CellDive und MetaboMAPS. Ihre Forschungsschwerpunkte liegen bei Mikroorganismen und künstlicher Intelligenz. In ihrer Freizeit lernt sie japanisch, schreibt Bücher und entwickelt Forschungsinformationssysteme.

Kontaktiere Julia, wenn du Fragen zur technischen Umsetzung hast.

Dominic Koblitz

Dominic ist Betriebswirt und arbeitet im Projektcontrolling an der DSMZ. Er ist u.a. zuständig für die Berichterstattung und benötigt dazu die Daten, die in OSIRIS erhoben werden. In seiner Freizeit hackt er Holz, spielt Videospiele und entwirft Forschungsinformationssysteme.

Kontaktiere Dominic, wenn du Fragen zur Berichterstattung hast.