Willkommen bei
OSIRIS

Open, Smart & Intuitive Research Information System

Open

OSIRIS ist eine quelloffene und frei verfügbare Software - ganz ohne Kosten.

Smart

Sammeln, Analysieren, Berichten - OSIRIS nimmt Euch möglichst viel Arbeit ab.

Intuitive

OSIRIS wurde für Nutzer entworfen: es ist einfach und intuitiv zu bedienen.

Update 1.2.0

Ein neues Update ist hier! Es bringt viele Verbesserungen mit sich, sowie ein neues Rollensystem und die Verknüpfung von Forschungsdaten. Schau dir an, was es neues gibt.

Was ist OSIRIS?

OSIRIS ist ein offenes und frei verfügbares Forschungsinformationssystem (FIS), das in Zusammenarbeit mit dem Leibniz-Insitut DSMZ entworfen und entwickelt wurde. Es ist speziell für kleinere Institute ohne eigene Bibliothek gedacht. Deshalb setzt OSIRIS auf ein Selbstmeldesystem, bei dem die Forschenden ihre Aktivitäten selbst hinzufügen. Wir wissen, dass jedes Institut einzigartig ist. Deshalb lässt sich OSIRIS auf einzigartige Weise an eure Bedürfnisse anpassen.

A user interface is like a joke. If you have to explain it, it’s not that good”.

— Martin Leblanc

Partner

Seid ihr dabei, OSIRIS bei euch zu installieren, probiert ihr es aus oder nutzt ihr es vielleicht schon aktiv? Meldet euch bei uns und wir fügen euch gern zu dieser Liste hinzu.

Die Geschichte von OSIRIS

OSIRIS schlummerte als Idee schon länger in den Köpfen herum. Bis 2021 setzte das Leibniz-Institut DSMZ nämlich noch - so wie viele andere kleinere Institute - auf Exceltabellen, um die Aktivitäten der Forschenden zu erfassen. "Das muss doch besser gehen." Es gibt viele Forschungsinformatinssysteme auf dem Markt, doch keins wollte so richtig passen. Zu schwergewichtig, zu teuer, zu altbacken, zu unflexibel oder für große Universitäten mit eigener Bibliothek entwickelt.

An der DSMZ werden viele Aktivitäten erfasst, die von existierenden Systemen nicht abgebildet werden. Denn neben Publikationen werden auch Poster, Vorträge, Peer-Reviews, Gremienarbeiten und noch viele weitere Aktivitäten aufgenommen. Die meiste Arbeit leistet dabei das Controlling, die alle Aktivitäten der Forschenden sammeln, aufbereiten und berichten.

Unsere Anforderungen an ein FIS

Für uns musste das perfekte System ...

  • einfach und intuitiv zu bedienen sein. Was umständlich und kompliziert ist, wird nicht benutzt.
  • möglichst viel Arbeit abnehmen. Wiederkehrende Arbeit zu automatisieren spart Zeit und Nerven.
  • viel Flexibilität bieten. Unterschiedliche Institute haben unterschiedliche Anforderungen.
  • einfach zu erweitern sein. Wenn die Anforderungen wachsen, muss es mitwachsen.
  • in unsere Systeme integrierbar sein. Niemand will Nutzer manuell pflegen.
  • überschaubar sein. Metriken und Berichte sollten generiert werden können, ohne zu viele Ressourcen zu verbrauchen.
  • auch für Wissenschaftler:innen nützlich sein. Wer die Arbeit wiederverwenden kann, macht sie gern.
  • Spaß machen und gut aussehen. Auch das gehört dazu.

Der Weg zu OSIRIS

Im Mai 2022 entwickelte Julia an einem ruhigen Wochenende den ersten Prototypen. Der konnte erstmal nur Publikationen über eine DOI abrufen und speichern - zuerst noch in SQL. Doch der Startschuss war getan und die Begeisterung war groß. Innerhalb der folgenden zwei Monate wuchs OSIRIS stetig an: es wurden mehr Aktivitäten hinzugefügt, z. B. Poster und Vorträge, mehr Seiten zum Anzeigen und Bearbeiten der Daten, und auch von Dominic kamen viele Ideen, Vorschläge und Verbesserungswünsche.

Ende Juni wurde die Datenbank dann auf MongoDB umgestellt. SQL war zu starr und unflexibel. Eine flexible, Dokument-basierte Datenbank musste her. Der Vorteil war nicht wegzusprechen: Innerhalb weniger Wochen explodierte der Funktionsumfang und im November war das Programm bereits so ausgereift, dass die erste Betaphase starten konnte - und das obwohl Julia so gut wie auschließlich in ihrer Freizeit an OSIRIS arbeitete.

Der Aufruf zum Betatest war ein voller Erfolg. Insgesamt meldeten sich 17 Wissenschaftler:innen für den Test an, das sind etwa ein Fünftel aller Wissenschaftler an der DSMZ. Es wurde reichlich getestet und auch viel Feedback gegeben: Fehlermeldungen, Änderungswünsche, Featurevorschläge. Sie hatten viele Updates zur Folge, die sich bis in den Dezember hineinzogen.

Zwischen den Feiertagen 2022 wurde Die Betaphase abgeschlossen. Alles Feedback war eingearbeitet und es wurden noch ein paar weitere nützliche Funktionen eingefügt. Damit startete OSIRIS Anfang 2023 in die Version 1.0.

Wir werden natürlich weiter an OSIRIS arbeiten, wir werden Feedback einarbeiten, Funktionen verbessern und erweitern. Denn nichts ist wichtiger, als auf die Nutzer:innen einzugehen. Genau aus diesem Grund haben wir OSIRIS so entworfen, dass es leicht erweitert werden kann. Es ist einfach, flexibel, leicht integrier- und erweiterbar. Und durch die vielen wunderbaren und offenen (!) APIs da draußen, nimmt es auch wirklich viel Arbeit ab. An dieser Stelle gebührt noch ein großer Dank an CrossRef, DataCite, NLM und DOAJ für ihre ausgezeichneten und frei verfügbaren APIs! Da können sich andere Dienste eine Scheibe von abschneiden.

Was als nächstes kommt

Wir sind nicht fertig. Noch lange nicht. Mehr zu weiteren Plänen in der Roadmap.

Features

Diese Übersicht zeigt nur ein paar der Features auf, die OSIRIS bietet:

Intelligentes Hinzufügen

Eine neue Aktivität kann entweder manuell angelegt oder aber über einen Webdienst abgefragt werden. Dazu braucht es nur eine DOI oder Pubmed-ID.

Analyse

Metriken können direkt aus den Aktivitäten gezogen werden. Dafür bereitet OSIRIS eine Reihe von Visualisierung auf einem Dashboard auf.

Persönliche Profilseite

Die Aktivitäten einer Person werden auf der Profilseite übersichtlich dargestellt und mit Graphiken untermauert.

Import

Aktivitäten können ganz einfach aus Google Scholar oder BibTeX-Dateien importiert werden. Auf Duplikate wird dabei überprüft.

Dateien ablegen

Es ist möglich, mehrere Dateien in verschiedenen Formaten zu hinterlegen. Dadurch ist die Aufbewahrung und Bereitstellung der Originaldokumente gesichert.

Export

Egal ob für den nächsten Forschungsantrag oder den persönlichen CV: OSIRIS bietet eine Vielzahl von Möglichkeiten, seine eigenen Aktivitäten herunterzuladen.

Erweiterte Suche

Eine erweiterte Suche ermöglicht es, beinahe alle Datenfelder von OSIRIS zu durchsuchen. Auch komplizierte Abfragen und Kombinationen sind möglich.

Quartale

OSIRIS wurde entworfen, um quartalsweise zu Arbeiten. Am Ende eines Quartals werden die Nutzer:innen aufgefordert, ihre Arbeit zu überprüfen.

Logik checks

OSIRIS führt im Hintergrund eine Reihe verschiedener logischer Prüfungen durch und löst Probleme, wenn möglich. Ist dies nicht der Fall, werden sie an den Benutzer zurückgespielt.

Journale

Standardisierte Journale und ihre Metriken werden ebenfalls gespeichert und ggf. über NLM neu hinzugefügt.

Rewards

Mit Coins und Trophäen werden Nutzer:innen für ihre Arbeit und die Pflege der Daten belohnt.

Sprachen

OSIRIS ist zurzeit in zwei Sprachen verfügbar: Deutsch und Englisch.

Aktivitäten

Per Default sind in OSIRIS die folgenden Aktivitätsarten abgebildet:

Beispiel:

Spring, S., Rohde, M., Bunk, B., Spröer, C., Will, S. E. and Neumann-Schaal, M. (2022) New insights into the energy metabolism and taxonomy of Deferribacteres revealed by the characterization of a new isolate from a hypersaline microbial mat. Environmental microbiology 24(5):2543-2575. DOI: http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.15999

Wolf, J., Öztürk, B., Koblitz, J. and Neumann-Schaal, M. (2021) Systembiologischer Fokus auf Nachhaltigkeit - Wie uns interdisziplinäre Forschung beim Verständnis hilft. GIT Labor-Fachzeitschrift. https://analyticalscience.wiley.com/do/10.1002/was.000600102/full/

Overmann, J. (2006) Molecular Basis of Symbiosis. (Vol. 41) Berlin/Heidelberg: Springer-Verlag. DOI: https://doi.org/10.1007/3-540-28221-1

Overmann, J. (2022) Mikrobielle Vielfalt, Evolution und Systematik. In: G. Fuchs, H. G. Schlegel and M. Bramkamp (eds) Allgemeine Mikrobiologie. (11th ed., pp. 602-674). Stuttgart Georg Thieme Verlag.

Helmecke, J. (2019) Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidophiler Sulfolobales (Dissertation). TU Braunschweig. DOI: https://doi.org/10.24355/dbbs.084-201910291317-0

Lissin, A., Podstawka, A., Reimer, L. C., Koblitz, J., Bunk, B. and Overmann, J. "Who is who?" A central database for resolving microbial strain identifiers. GCB 2022, Halle (Saale). 06.-08.09.2022.

Koblitz, J., Halama, P., Spring, S., Thiel, V., Baschien, C., Hahnke, R., Pester, M., Reimer, L. C. and Overmann, J. MediaDive: the expert-curated cultivation media database. ECCO 2022, Braunschweig. 28.09.2022. (short)

Stetig Steenpaß, L. Mitglied im Advisory Board der Core Facility der Medizinischen Universität Graz, von 01.08.2021 bis heute.

Einmalig Overmann, J. Teilnahme an der Podiumsdiskussion zum Thema Digitale Sequenzinformation auf der Jahrestagung der VAAM, 21.02.2022, virtuell.

Einmalig Riedel, T. Organisation des CD-biOmics Workshop, 13.-19.03.2022, Leibniz Institut DSMZ, Braunschweig.

Neumann-Schaal, M. MI01: Grundlagen der Mikrobiologie, TU Braunschweig (01.10.2022 - 31.03.2023).

Halama, Philipp, TU Braunschweig. Genomic Sphingomonas; Master-Thesis. 01.12.2021-30.09.2022 (in progress), betreut von Bunk, B.

Herrera, Fabio, Universidad de los Andes, Kolumbien. BMBF-Projekt: Workshop AVAnce; Gastwissenschaftler:in. 15.-22.07.2022, betreut von Overmann, J.

Koblitz, J. (2020) MetaboMAPS: Pathway Sharing and Multi-omics Data Visualization in Metabolic Context (Version 1.1) [Computer software]. Zenodo. DOI: https://doi.org/10.5281/zenodo.3742817

Pester, M. Reviewer for Frontiers in Microbiology. October 2021.

Thiel, V. Mitglied des Editorial Board von Microganisms (Guest Editor for Special Issue 'Phototrophic Bacteria 2.0'), von Juli 2022 bis März 2023.

Sikorski, J. Reviewer of Grant Proposals: National Science Foundation USA. October 2021.

Mast, Y. Reviewer for Doctoral Thesis: Ira Handayani, Eberhard Karls, Universität Tübingen. October 2021.

Ihr könnt OSIRIS aber auch individuell anpassen, d.h. ihr könnt Aktivitäten rausnehmen oder neue hinzufügen. Ihr entwickelt weder Software noch Datensätze? Kein Problem, löscht die Kategorie raus. Ihr habt mehr Unterkategorien bei Vorträgen? Nichts leichter als das, ihr legt einfach neue Unterkategorien an. Dadurch macht ihr OSIRIS zu eurem OSIRIS. Und das beste: Updates lassen eure Einstellungen unangetastet.

Mehr über die Anpassung findet ihr hier.

Wie man OSIRIS bei sich einbindet

Grundlegende IT-Kenntnisse sind schon notwendig. Doch eigentlich ist es nicht schwer, OSIRIS mit all seinen Komponenten zu installieren und zu konfigurieren. Da OSIRIS komplett Open-Source ist, wurde es dafür entworfen, auch in anderen Instituten genutzt zu werden. Alles was ihr braucht ist einen Webserver, auf dem ihr OSIRIS installieren könnt - und natürlich den Quellcode, den ihr euch von Github holt.

Tech-Talk

OSIRIS funktioniert mit PHP im Backend und JavaScript im Frontend. Als JavaScript-Library wird dabei auf jQuery gesetzt. Dadurch dass keine aufwändigen Frameworks oder Dev-Stacks verwendet werden lässt sich OSIRIS einfach installieren. Die Konfiguration der App findet dabei über das Admin-Panel statt, in dem alle Infos, wie zum Beispiel der Name des Instituts oder die Abteilungen angegeben werden.

Die eigentlichen Daten werden in einer Dokument-basierten MongoDB-Datenbank gespeichert. Die muss nur grob initialisiert werden, alle Daten lassen sich dann über die Weboberfläche hinzufügen. Wenn eine Verbindung zu LDAP hinterlegt ist, wird beim Einloggen direkt ein neuer Nutzer angelegt.

Installationsanleitung

Das Team hinter OSIRIS

Dr. Julia Koblitz

Julia ist Wissenschaftlerin an der DSMZ. Sie leitet die Arbeitsgruppe Datenintegration in der Abteilung Bioinformatik und hat schon mehrere Datenbanken und interaktive Web-Applikationen entwickelt, beispielsweise MediaDive, CellDive und MetaboMAPS. Ihre Forschungsschwerpunkte liegen bei Mikroorganismen und künstlicher Intelligenz. In ihrer Freizeit lernt sie japanisch, schreibt Bücher und entwickelt Forschungsinformationssysteme.

Kontaktiere Julia, wenn du Fragen zur technischen Umsetzung hast.

Dominic Koblitz

Dominic ist Betriebswirt und arbeitet im Projektcontrolling an der DSMZ. Er ist u.a. zuständig für die Berichterstattung und benötigt dazu die Daten, die in OSIRIS erhoben werden. In seiner Freizeit hackt er Holz, spielt Videospiele und entwirft Forschungsinformationssysteme.

Kontaktiere Dominic, wenn du Fragen zur Berichterstattung hast.