OSIRIS ist ein offenes und frei verfügbares Forschungsinformationssystem (FIS), das in Zusammenarbeit mit dem Leibniz-Insitut DSMZ entworfen und entwickelt wurde. Es ist speziell für kleinere Institute ohne eigene Bibliothek gedacht. Deshalb setzt OSIRIS auf ein Selbstmeldesystem, bei dem die Forschenden ihre Aktivitäten selbst hinzufügen. Wir wissen, dass jedes Institut einzigartig ist. Deshalb lässt sich OSIRIS auf einzigartige Weise an eure Bedürfnisse anpassen.
A user interface is like a joke. If you have to explain it, it’s not that good”.
— Martin Leblanc
OSIRIS schlummerte als Idee schon länger in den Köpfen herum. Bis 2021 setzte das Leibniz-Institut DSMZ nämlich noch - so wie viele andere kleinere Institute - auf Exceltabellen, um die Aktivitäten der Forschenden zu erfassen. "Das muss doch besser gehen." Es gibt viele Forschungsinformatinssysteme auf dem Markt, doch keins wollte so richtig passen. Zu schwergewichtig, zu teuer, zu altbacken, zu unflexibel oder für große Universitäten mit eigener Bibliothek entwickelt.
An der DSMZ werden viele Aktivitäten erfasst, die von existierenden Systemen nicht abgebildet werden. Denn neben Publikationen werden auch Poster, Vorträge, Peer-Reviews, Gremienarbeiten und noch viele weitere Aktivitäten aufgenommen. Die meiste Arbeit leistet dabei das Controlling, die alle Aktivitäten der Forschenden sammeln, aufbereiten und berichten.
Für uns musste das perfekte System ...
Im Mai 2022 entwickelte Julia an einem ruhigen Wochenende den ersten Prototypen. Der konnte erstmal nur Publikationen über eine DOI abrufen und speichern - zuerst noch in SQL. Doch der Startschuss war getan und die Begeisterung war groß. Innerhalb der folgenden zwei Monate wuchs OSIRIS stetig an: es wurden mehr Aktivitäten hinzugefügt, z. B. Poster und Vorträge, mehr Seiten zum Anzeigen und Bearbeiten der Daten, und auch von Dominic kamen viele Ideen, Vorschläge und Verbesserungswünsche.
Ende Juni wurde die Datenbank dann auf MongoDB umgestellt. SQL war zu starr und unflexibel. Eine flexible, Dokument-basierte Datenbank musste her. Der Vorteil war nicht wegzusprechen: Innerhalb weniger Wochen explodierte der Funktionsumfang und im November war das Programm bereits so ausgereift, dass die erste Betaphase starten konnte - und das obwohl Julia so gut wie auschließlich in ihrer Freizeit an OSIRIS arbeitete.
Der Aufruf zum Betatest war ein voller Erfolg. Insgesamt meldeten sich 17 Wissenschaftler:innen für den Test an, das sind etwa ein Fünftel aller Wissenschaftler an der DSMZ. Es wurde reichlich getestet und auch viel Feedback gegeben: Fehlermeldungen, Änderungswünsche, Featurevorschläge. Sie hatten viele Updates zur Folge, die sich bis in den Dezember hineinzogen.
Zwischen den Feiertagen 2022 wurde Die Betaphase abgeschlossen. Alles Feedback war eingearbeitet und es wurden noch ein paar weitere nützliche Funktionen eingefügt. Damit startete OSIRIS Anfang 2023 in die Version 1.0.
Wir werden natürlich weiter an OSIRIS arbeiten, wir werden Feedback einarbeiten, Funktionen verbessern und erweitern. Denn nichts ist wichtiger, als auf die Nutzer:innen einzugehen. Genau aus diesem Grund haben wir OSIRIS so entworfen, dass es leicht erweitert werden kann. Es ist einfach, flexibel, leicht integrier- und erweiterbar. Und durch die vielen wunderbaren und offenen (!) APIs da draußen, nimmt es auch wirklich viel Arbeit ab. An dieser Stelle gebührt noch ein großer Dank an CrossRef, DataCite, NLM und DOAJ für ihre ausgezeichneten und frei verfügbaren APIs! Da können sich andere Dienste eine Scheibe von abschneiden.
Wir sind nicht fertig. Noch lange nicht. Mehr zu weiteren Plänen in der Roadmap.
Diese Übersicht zeigt nur ein paar der Features auf, die OSIRIS bietet:
Per Default sind in OSIRIS die folgenden Aktivitätsarten abgebildet:
(2022) New insights into the energy metabolism and taxonomy of Deferribacteres revealed by the characterization of a new isolate from a hypersaline microbial mat. Environmental microbiology 24(5):2543-2575. DOI: http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.15999
(2021) Systembiologischer Fokus auf Nachhaltigkeit - Wie uns interdisziplinäre Forschung beim Verständnis hilft. GIT Labor-Fachzeitschrift. https://analyticalscience.wiley.com/do/10.1002/was.000600102/full/
(2006) Molecular Basis of Symbiosis. (Vol. 41) Berlin/Heidelberg: Springer-Verlag. DOI: https://doi.org/10.1007/3-540-28221-1
(2022) Mikrobielle Vielfalt, Evolution und Systematik. In: (eds) Allgemeine Mikrobiologie. (11th ed., pp. 602-674). Stuttgart Georg Thieme Verlag.
(2019) Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidophiler Sulfolobales (Dissertation). TU Braunschweig. DOI: https://doi.org/10.24355/dbbs.084-201910291317-0
(Ihr könnt OSIRIS aber auch individuell anpassen, d.h. ihr könnt Aktivitäten rausnehmen oder neue hinzufügen. Ihr entwickelt weder Software noch Datensätze? Kein Problem, löscht die Kategorie raus. Ihr habt mehr Unterkategorien bei Vorträgen? Nichts leichter als das, ihr legt einfach neue Unterkategorien an. Dadurch macht ihr OSIRIS zu eurem OSIRIS. Und das beste: Updates lassen eure Einstellungen unangetastet.
Mehr über die Anpassung findet ihr hier.
Grundlegende IT-Kenntnisse sind schon notwendig. Doch eigentlich ist es nicht schwer, OSIRIS mit all seinen Komponenten zu installieren und zu konfigurieren. Da OSIRIS komplett Open-Source ist, wurde es dafür entworfen, auch in anderen Instituten genutzt zu werden. Alles was ihr braucht ist einen Webserver, auf dem ihr OSIRIS installieren könnt - und natürlich den Quellcode, den ihr euch von Github holt.
OSIRIS funktioniert mit PHP im Backend und JavaScript im Frontend. Als JavaScript-Library wird dabei auf jQuery gesetzt. Dadurch dass keine aufwändigen Frameworks oder Dev-Stacks verwendet werden lässt sich OSIRIS einfach installieren. Die Konfiguration der App findet dabei über das Admin-Panel statt, in dem alle Infos, wie zum Beispiel der Name des Instituts oder die Abteilungen angegeben werden.
Die eigentlichen Daten werden in einer Dokument-basierten MongoDB-Datenbank gespeichert. Die muss nur grob initialisiert werden, alle Daten lassen sich dann über die Weboberfläche hinzufügen. Wenn eine Verbindung zu LDAP hinterlegt ist, wird beim Einloggen direkt ein neuer Nutzer angelegt.
InstallationsanleitungJulia ist Wissenschaftlerin an der DSMZ. Sie leitet die Arbeitsgruppe Datenintegration in der Abteilung Bioinformatik und hat schon mehrere Datenbanken und interaktive Web-Applikationen entwickelt, beispielsweise MediaDive, CellDive und MetaboMAPS. Ihre Forschungsschwerpunkte liegen bei Mikroorganismen und künstlicher Intelligenz. In ihrer Freizeit lernt sie japanisch, schreibt Bücher und entwickelt Forschungsinformationssysteme.
Kontaktiere Julia, wenn du Fragen zur technischen Umsetzung hast.
Dominic ist Betriebswirt und arbeitet im Projektcontrolling an der DSMZ. Er ist u.a. zuständig für die Berichterstattung und benötigt dazu die Daten, die in OSIRIS erhoben werden. In seiner Freizeit hackt er Holz, spielt Videospiele und entwirft Forschungsinformationssysteme.
Kontaktiere Dominic, wenn du Fragen zur Berichterstattung hast.